با این حال، استفاده از آیکاس iQos نیز معایبی دارد. یکی از اصلی‌ترین معایب، هزینه‌های مرتبط با خرید دستگاه و استیک‌های تنباکویی مخصوص به آن است. دستگاه‌های آیکاس و استیک‌های مربوطه معمولا قیمت بالاتری نسبت به سیگارهای سنتی دارند و این می‌تواند برای برخی از مصرف کننده به عنوان یک مانع مالی عمده در نظر گرفته شود. همچنین، استیک‌های تنباکویی iQos تنها از منابع محدودی قابل خریداری هستند که ممکن است دسترسی به آن‌ها را برای برخی از مصرف کنندگان دشوار سازد.

علاوه بر هزینه، دستگاه‌های آیکاس نیاز به شارژ مکرر دارند که این می‌تواند ناراحت‌کننده باشد. باتری دستگاه باید پس از هر چند بار استفاده شارژ شود و این می‌تواند برای مصرف کنندگان که در طول روز به طور مداوم از دستگاه استفاده می‌کنند، محدودیت‌هایی ایجاد کند. بنابراین، افراد باید همیشه برنامه‌ریزی کنند تا دستگاه خود را شارژ شده نگه دارند که این ممکن است در برخی شرایط غیرممکن یا دشوار باشد.

علاوه بر کاهش بو، آیکاس iQos به کاهش تولید مواد شیمیایی مضری که در دود سیگار سنتی وجود دارد کمک می‌کند. این کاهش به دلیل حرارت دادن تنباکو به جای سوزاندن آن است. تحقیقات نشان داده است که دود حاصل از سیگارهای سنتی حاوی هزاران ماده شیمیایی است که بسیاری از آنها می‌توانند به سلامتی آسیب برسانند. با این حال، بخار حاصل از آیکاس دارای میزان مواد شیمیایی کمتری است که می‌تواند ریسک آسیب‌های مرتبط با سیگار کشیدن را کاهش دهد.

در مقایسه با سیگارهای الکترونیکی که از مایعات حاوی نیکوتین استفاده می‌کنند و از طریق یک عنصر حرارتی آن مایع را به بخار تبدیل می‌کنند، آیکاس به لحاظ تجربه به سیگارهای معمولی نزدیک‌تر است. این تفاوت به خصوص برای کسانی که مایل به ترک سیگار هستند اما می‌خواهند حس و طعم تنباکو را حفظ کنند، می‌تواند مهم باشد. بخار آیکاس نیز معمولا دارای میزان نیکوتین مشابه با سیگار معمولی است، اما بدون ترکیبات مضری که در فرآیند سوختن تنباکو ایجاد می‌شود. از آنجا که آیکاس دود کمتری تولید می‌کند، استفاده از آن در مکان‌هایی که مصرف سیگار سنتی ممنوع است، می‌تواند راحت‌تر باشد، این امر می‌تواند برای برخی مصرف کنندگان بسیار مفید و جذاب باشد.